Precalentar el horno a 350 ° F. Forrar 24 moldes para cupcakes.

Combinar la harina de trigo integral, la harina para todo uso, la canela, el bicarbonato de sodio y la sal en un tazón mediano. Batir el azúcar morena, el aceite y 2 cucharaditas de cáscara de naranja rallada en un tazón grande hasta que se mezclen. Agregar la calabaza y los huevos; batir bien. Incorporar poco a poco la mezcla de harina. Incorporar las zanahorias y las pasas. Verter la masa en los moldes preparados, llenando a 2/3 de su capacidad.

Hornear por 25 minutos o hasta que al insertar un palillo de madera en el cupcake, éste salga casi limpio. Enfriar en los moldes sobre rejillas de alambre durante 10 minutos; mover a rejillas de alambre para enfriar completamente.

Batir el queso crema, la mantequilla, el azúcar en polvo y la cucharadita restante de cáscara de naranja rallada en un tazón pequeño hasta que quede suave. Untar sobre los cupcakes; decorar con cáscara de naranja confitada.